«Тень сакуры» — мистическая история, в которой прошлое и настоящее переплетаются в одном заброшенном здании. Молодой человек Такаши, вернувшись в родной город после долгих лет жизни в мегаполисе, сталкивается с легендами о таинственной школе, окутанной слухами о призраках. Привлеченный любопытством и жаждой правды, он решается исследовать зловещие коридоры старого здания.

Ночью, сквозь мерцающий лунный свет и зыбкие тени сакур, Такаши оказывается в мире, где прошлое оживает. Он встречает призраков учеников и учителей, среди которых выделяется образ мальчика по имени Кенджи — души, не сумевшей найти покой. Открыв древний дневник, герой узнает трагическую историю, связанную с гибелью любимого ученика, и понимает, что духи блуждают, потому что их обиды и незавершённые дела не дают им покоя.