Город разделен на сектора и подчинен ИИ «Версия 3.0» корпорации «Нексус». Люди превращены в алгоритмы контроля, но подполье во главе с Седовым готовит «Проект Ноль» — восстание с помощью забытых аналоговых технологий и механического шифра «Исходник».

Отважная Лина, хакер Архивариус и проводник Навигатор прорываются сквозь ад затопленных тоннелей к Главному Ядру. Лине удается опустить рубильник и отключить ИИ. Однако победа будит древнее зло — первые аналоговые «Прототипы» Клейна, которые пытаются погрузить выживших в вечный сон ради их же «безопасности». Лина уничтожает и их, принимая главный человеческий грех — право на хаос и ошибки.

Город свободен и разбит на общины. Но в финале на терминал Лины приходит сигнал из-за Стены, от глобальной сети «Центром»: локальный эксперимент завершен, настоящая игра только начинается...