В Бриндизи его ждали теперь несколько транспортных судов и войско, сильно поредевшее за время пребывания в Испании. Помпей же успел к этому времени собрать в Греции, Египте и Азии – театре его прежней славы – сильную армию в 80 тысяч человек и большой флот, перед которым жалкие корабли Цезаря были совершенно бессильны. Этим флотом командовал М. Бибул, и Цезарю, благодаря его беспечности, удалось 4 января переправить в Эпир около 15 тысяч пехоты и 600 человек конницы. Он высадился в 150 верстах к югу от Диррахия, где были расположены главные квартиры Помпея, и тотчас же отослал обратно свою флотилию в Бриндизи, чтоб привезти Антония с остальными легионами. Но Бибул уже не дремал: он переловил корабли, сжег тридцать из них и, раздосадованный на свою недавнюю оплошность, перебил весь экипаж их. Положение Цезаря стало критическим, но он смело пошел на север, взял без боя города Орик и Аполлонию и очутился в 75 верстах от Диррахия. Он пробовал было пойти дальше по тому же направлению, но, подойдя к Опсу, небольшой реке между Аполлонией и неприятельскими квартирами, наткнулся на Помпея, занявшего правый берег, и принужден был остановиться. Здесь оба противника стояли лицом к лицу в течение нескольких месяцев – от января до мая, – не решаясь начать действий: Цезарь хотел вступить в переговоры, но, дело расстроилось по настояниям Т. Лабиена, некогда его друга и главного лейтенанта в Галлии, а ныне перешедшего на сторону сената. Цезарь с нетерпением ждал остального войска, чтоб перейти в наступление: он посылал к Антонию приказы за приказами поскорее поспешить, но тот сам почти был блокирован в Бриндизи помпеянским флотом и не мог тронуться с места. Говорили впоследствии, что, не понимая причины такой проволочки, Цезарь нанял 12-весельную лодку и решил сам, несмотря на опасности, переправиться в Бриндизи. Но буря даже на реке была такая, что кормчий долго не решался пуститься в море, пока Цезарь не успокоил его, говоря, что он “везет Цезаря и его счастье”. Приблизившись, однако, к устью реки, Цезарь сам увидел безрассудство предприятия и вернулся назад к всеобщему ликованию солдат.

Наконец, в мае месяце, появился флот Антония и был виден почти одновременно из обоих лагерей. Немедленно родосская эскадра Помпея бросилась из Диррахия перенимать его, но буря развеяла и разбила ее, и весь экипаж попал в руки Цезарю. Опять, как в прошлые разы, он отпустил своих врагов с миром, а Антоний тем временем успел благополучно пристать к небольшой Нимфейской бухте, в 70 верстах к северу от Диррахия. Помпей бросился также на север, чтоб помешать соединению обеих армий, но Цезарь пошел ему в обход и соединился со своим помощником в то время, как Помпей лежал в засаде, поджидая Антония по кратчайшей дороге. Обманутый и выбитый из прекрасной позиции, он поднялся теперь выше к Диррахию, к городу Аспарагию, и здесь расположился лагерем. Цезарь, уверенный теперь в своих силах, предложил ему сражение, но, получив отказ, ловким маневром выбил его и из этой позиции и заставил отступить еще выше, к высокой местности Петре, где тот и занял почти неприступное положение. Цезарь вздумал блокировать его: имея только 22 тысячи человек, он стал обводить его огромными валами в 15 верст окружностью, с тем, чтоб отрезать его сношения с морем и вместе с тем обезопасить себе самому подвоз припасов; но попытка окончилась плачевно: он разбросал свои немногие силы, и Помпею нетрудно было сделать вылазку и опрокинуть все его сооружения. Завязался бой, и Цезарь с тяжелым уроном принужден был отступить назад к Аполлонии, благодаря небеса и за то, что противник не заставил его принять генеральное сражение. “Помпей не умеет побеждать”, – сказал он тогда, и был совершенно прав: спор мог окончиться в тот час совсем иначе, чем он окончился месяцем позже. В Аполлонии, однако, Цезарь не остался. В мае, когда прибыл Антоний, он выслал Домиция Кальвина с двумя легионами в Фессалию, с целью задержать тестя Помпея, приближавшегося с подкреплениями с востока. Кальвин удачно выполнил поручение и, заняв горные проходы, спокойно оставался все эти месяцы vis-a-vis Сципиону, не пуская его ни на шаг дальше. К нему-то теперь, обессиленный поражением при Петре, Цезарь отправился на соединение, а одновременно и Помпей выступил на выручку тестя. Обе стороны благополучно совершили соединение и очутились недалеко от Лариссы, у равнины Фарсальской. До сих пор Помпей всячески избегал сражения в открытом поле: хотя на его стороне и был численный перевес, но его армия состояла большей частью из новобранцев, и он справедливо рассчитывал постепенно приучить ее к дисциплине, ослабляя в то же время противника маневрами и частыми, но небольшими нападениями. Но теперь, когда Цезарь уже раз потерпел поражение, а войско Помпея было подкреплено контингентами с востока, знать, окружавшая его, стала роптать и требовать немедленного сражения. Она упрекала своего вождя в нерешительности, жаловалась, что ей не удастся в этом году есть свежие фиги в Тускуле, и была так уверена в исходе, что переделила уже между собою провинции и должности. Очевидно, молодые кавалеры, не знавшие поражения в гостиных Рима, были уверены в своей непобедимости и на бранном поле, и Помпей, несмотря на свое нежелание, принужден был уступить. Утром 9 августа он вывел свое 50-тысячное войско на равнину и занял выгодную позицию, имея холмы с тылу и реку с обрывистым берегом справа; левое же крыло, замыкавшееся семью тысячами всадников, было растянуто так, чтоб обойти правый фланг Цезаря и напасть на него с тылу. Цезарь это понял и, имея лишь 22 тысячи пехоты и тысячу конницы, сосредоточил свои главные силы на своем правом крыле, поставив туда всю кавалерию и знаменитый еще со времени Галльской кампании десятый легион. Он отдал им приказ не метать копий, а бить ими помпеянским кавалерам прямо в лицо и расположил остальную армию в три линии, отрядив лишь перед самым началом боя несколько когорт в подкрепление правому крылу. Сам он стал туда же и повел атаку двумя первыми линиями сразу. Одновременно, однако, помпеева конница ударила в десятый легион, но прежде, чем она могла понять положение, на нее посыпались удары в глаза, и храбрые щеголи не выдержали: быть изуродованным казалось им хуже поражения, и, закрыв лицо руками, они пустились бежать. Тотчас ряды Помпея пришли в смятение, и Цезарь, выслав третью линию, несколькими натисками опрокинул их. Начались бегство и резня, и около 15 тысяч человек, в том числе 10 сенаторов и 40 всадников, остались на поле убитыми. Цезарь же потерял всего около 200 и с удвоенной энергией ударил в неприятельский лагерь, где Помпей сидел в своей палатке, погруженный в глубокое раздумье и не зная, в припадке горя, что делать. Услыхав, однако, штурм, он быстро поднялся с немногими приближенными по направлению к Лариссе. Цезарю достался весь лагерь со всеми запасами и амуницией, а на другой день ему сдались без боя 20 тысяч человек, бежавших одновременно с Помпеем, но настигнутых цезаревыми легионами. Победитель обошелся с пленными, по своему обыкновению, великодушно: он не только никого не наказал, но еще всех обласкал и отпустил на свободу. Тогда же прибыл к нему с мольбою о пощаде и Марк Брут, который пробовал было удалиться с Помпеем в Лариссу: Цезарь простил его, тепло обнял и приблизил к себе, чтоб впоследствии пасть под его кинжалом.

Фарсальская битва решила судьбу государства, и, как только весть о ней прибыла в Рим, Цезарь, в ознаменование нового порядка вещей, был провозглашен диктатором на год и облечен трибунским саном на всю жизнь. Он, однако, не пошел в Рим, а, отослав туда лишь М. Антония с частью армии, отправился с горстью конницы и одним легионом вслед за Помпеем, удалившимся в Египет. Он прорезал Фессалию до Амфиполиса, а оттуда вдоль берега дошел до Геллеспонта и, перебравшись на противоположный берег, прошел всю Малую Азию. Приняв покорность этой провинции и водворив в ней порядок, он с 3200 пехоты и 800 конницы перешел в Египет и высадился в Александрии. Но Помпея уже не было в живых. Бежав из Фарсалы через Лариссу к морскому берегу, а оттуда по Эгейскому морю на остров Лесбос, он забрал поджидавших его там жену и младшего сына и вместе с ними направился к Кипру, надеясь найти там убежище. Но ему отказали; отказала также и Сирия, и бывший владыка Рима бежал в Египет, с покойным царем которого он некогда был дружен. Он приблизился к Нилу, и молодой Птолемей XII, узнав о его прибытии, выслал ему лодку с приглашением приехать к нему в Пелузию. Оставив на кораблях близ берега жену и сына со всею свитою, Помпей сел в лодку, но не успела она доплыть до пристани, как сидевший с ним Ахиллас, царский адъютант, и Септимий, бывший его легионер, напали на него сзади и умертвили его. Его голова, перед одним видом которой дрожал некогда Восток, была отделена от туловища, и через несколько дней, когда прибыл Цезарь, преподнесена ему со всею торжественностью. Но гуманный соперник с отвращением отвернулся: он вспомнил, что Помпей был некогда его родственник и друг, и приказал похоронить его ужасные останки с подобающими почестями.

Цезарь прибыл в Александрию в октябре 48 года до н. э., и обстоятельства задержали его там вплоть до июня следующего. Египет в это время был раздираем междоусобицами из-за престолонаследия: находясь под римским протекторатом, он управлялся, однако, собственными царями, и в данный момент на троне должны были сидеть 17-летний Птолемей и его сестра, знаменитая красавица Клеопатра, 19-ти лет. Но, подстрекаемый опекунами, Птолемей сестру прогнал, и армии обеих враждующих сторон находились теперь недалеко от Пелузии при устье Нила. Прибытие Цезаря внесло новый фактор в борьбу, и соперники кинулись к властителю мира за содействием. Женолюбивый Цезарь взял, конечно, сторону Клеопатры и, пригласив к себе в Александрию Птолемея, удержал его в плену. Немедленно уличная толпа стала волноваться, и извещенная о случившемся птолемеева армия в Пелузии пошла на выручку царя. Положение Цезаря, имевшего под рукою небольшой отряд, стало незавидным, и, чтоб выгадать время, пока подоспеют подкрепления из Азии, он пошел на уступки, отпустив Птолемея на волю и отдав Арсиное, его младшей сестре, провозгласившей себя царицей вместо Клеопатры, остров Кипр. Но волнение на улицах перешло в буйный мятеж, и Цезарь, чтоб не быть блокированным, принужден был действовать открытою силою: он занял главные пункты города, захватил остров Фарос и сжег стоявший там флот вместе с арсеналом. Вспыхнул страшный пожар, и пламя, перебросившись на берег, уничтожило большую часть библиотеки с 400 тысячами книг. Тем не менее толпа не унималась, и Цезарь, быть может, не вышел бы из Александрии живым, если бы в это время не прибыла наконец помощь с востока. При Ниле произошло кровавое сражение, и Птолемей вместе со своим войском погиб. Александрия притихла, и на престол взошла Клеопатра вместе с младшим своим братом.