В его царствование было издано несколько важных и дельных указов, каковы были, например, указы об упразднении Тайной канцелярии, о позволении бежавшим за границу раскольникам воротиться в Россию с запрещением преследовать за раскол. Эти указы внушены были не отвлеченными началами веротерпимости или ограждения личности от доносов, а практическими расчетами людей, близких к Петру, – Воронцовых, Шуваловых и других, которые, спасая свое положение, хотели царскими милостями упрочить популярность императора. Из таких же соображений вышел и указ о вольности дворянства. Но сам Петр мало заботился о своем положении и скоро успел вызвать своим образом действий единодушный ропот в обществе.

Он как будто нарочно старался вооружить против себя все классы, и, прежде всего, духовенство. Он не скрывал, напротив, задорно щеголял своим пренебрежением к церковным православным обрядам, публично дразнил русское религиозное чувство, в придворной церкви во время богослужения принимал послов, ходя взад и вперед, точно у себя в кабинете, громко разговаривал, высовывал язык священнослужителям, раз на Троицын день, когда все опустились на колени, с громким смехом вышел из церкви. Новгородскому архиепископу Димитрию Сеченову, первоприсутствующему в Синоде, дан был приказ «очистить русские церкви», т. е. оставить в них только иконы Спасителя и Божией Матери и вынести остальные, русским священникам обрить бороды и одеваться, как лютеранские пасторы. Исполнением этих приказов повременили, но духовенство и общество всполошились: люторы надвигаются! Особенно раздражено было черное духовенство за предпринятую Петром III секуляризацию церковных недвижимых имуществ. Управлявшая ими Коллегия экономии, прежде подведомственная Синоду, теперь поставлена была в прямую зависимость от Сената. Ей предписано было отдать крестьянам все церковные земли и с теми, какие они пахали на монастыри и архиереев. А из собираемых с церковных вотчин доходов назначить на содержание церковных учреждений ограниченные штатные оклады. Эту меру Петр не успел привести в исполнение; но впечатление было произведено. Гораздо опаснее было раздражение гвардии, этой щекотливой и самоуверенной части русского общества. С самого вступления на престол Петр старался всячески рекламировать свое безграничное поклонение Фридриху II. Он при всех набожно целовал бюст короля, во время одного парадного обеда во дворце при всех стал на колени перед его портретом.